A Virológiai Nemzeti Laboratórium elsődleges kutatási területe az állatokról emberekre terjedő vírusok vizsgálata. A nemzeti laboratórium kötelékében jelenleg négy tematikus kutatócsoport elégíti ki a járványok korának és a globális pandémiás felkészülésnek teljeskörű vizsgálati igényeit. A kutatócsoport az alapkutatás mellett számos alkalmazott kutatási projektben is részt vesz, amelyek célja az orvosi, betegellátási gyakorlatban is alkalmazható tesztek, potenciálisan vírusellenes hatóanyagok fejlesztése, tesztelése, illetve változatos járványmegelőzési és járványvizsgálati technológiák kidolgozása és alkalmazása. A laboratórium kiemelt célja továbbá a magyarországi járványvédelmi kapcsolatú virológiai kutatások összefogása, a hazai kutatási hálózat megszervezése, aminek köszönhetően lehetővé válik az új alkalmazott virológia, amely a járványok korában adaptív módon, modern technológiák folyamatos alkalmazásával és fejlesztésével veszi fel a versenyt a járványok megelőzésében, kivizsgálásában és elhárításában, és már ismert virális fertőzések mechanizmusának jobb megismerésében.